Rođen u Sarajevu 1954. godine, od oca Murata Kusturice koji je radio kao novinar i majke Senke koja je bila sekretarica u sudu.
Bio im je jedino dete i kao i svaki jedinac pomalo razmažen, često je znao da pravi razne nestašluke. Imao je samo 17 godina kada je dobio prvu ulogu u filmu „Valter brani Sarajevo“ i to je bio momenat kada je Emir znao čime će kroz život da se bavi. Osnovnu i srednju školu završio je u Sarajevu, da bi fakultet završio u Pragu.
Oženjen je Majom Mandić Kusturicom sa kojom ima dvoje dece: sina Stribora i ćerku Dunju. Oboje dece se bavi umetnošću i blisko sarađuju sa svojim talentovanim ocem.
Ono što je ljudima veoma zanimljivo je to što se 2015. godine Emir kstio u pravoslavnom manastiru Savine, nedaleko od Herceg Novog.
Tada je uzeo ime Nemanja, a mnogi Bošnjaci su ovaj potez označili kao izdajnički, jer se Emir javno deklarisao kao Srbin.
Emir je to ovako objasnio:
„Moja porodica je delimično preobraćena u islam, ali je i dalje praktikovala pravoslavlje. Niko u mojoj porodici nije ispovedao islam. Ja nisam preobraćen, ja sam samo kršten. Moja predviđanja su da smo mi hrišćani na ivici istrebljenja. Kada sam kršten, hrišćanstvo nije bilo u dobroj poziciji, ali pošto verujem u kulturu, verujem i u Boga. Verujem da se on javlja kroz kulturu“.
Proučavajući razne knjige došao je do saznanja da su mu preci 250 godina bili muslimani, a pre toga su bili pravoslavni hrišćani koji su morali da prihvate islam kako bi preživeli. U to vreme su Turci vladali ovim prostorima i to nije bilo pitanje izbora, nego su verovatno bili primorani.
Emir je jednom prilikom izjavio da se krstio jer mu je važno da ljudi znaju ko je bio kada jednog dana umre.
Kusturica danas živi na Drvengradu, mestu koje je izgradio i koje je postalo poznato u svetu. Jednom prilikom je rekao da je odlučio da živi tamo gde ga „ljudi ne biraju izborima, već zato što im se dopada“, te da je Drvengrad jedna moderna verzija manastirskog života i njegova zadužbina.
(Izvor: Stil)